Вам нужно использовать scp с ключем -r.
scp -rp local_directory_with_files user@remote_server:/path
То есть работает это так. Заходите по ssh на удаленную систему и запускаете scp куда вам нужно
Либо вот так:
scp -r user@remote_server/path/ /local/path
Во втором варианте вы со своей локальной машины запускаете рекурсивный scp и копируете /path и сохраняете как /local/path локально.