Файл в формате "deb" является стандартом в Debian-системах. Отсюда и произошло сокращение. Для аналогии, можно сравнить "deb" формат с исполняемым форматом "exe" в Windows. Как в случае с виндоуз, "deb" файл можно скачать и установить.
Сама инсталляция может быть:
- Ручная (по ссылке, которую вы привели в вашем вопросе, это - один из предлагаемых вариантов установки). То есть вы скачиваете "deb" файл и далее используете пакетный менеджер dpkg что бы этот файл установить.
- Автоматическая. В этом случае все тот же файл будет скачан и установлен автоматом.
Существуют различные программы для установки пакетов. Примеров масса:
- apt или apt-get (это две разные утилиты для установки софта). В иксах (в графическом интерфейсе) эти утилиты скрыты за красивой мордой. Например, за Ubuntu Software Center или подобным
- synaptic, apper, muon - аналогично примеру выше, тоже могут тянуть пакеты и ставить софт
Получается, что утилиты apt, apt-get (равно как из "красивые морды" - Ubuntu Software Center или Discover) могут загружать deb пакеты перед установкой. Более того, вы можете указать откуда именно пакеты должны быть стянуты (можно указать репозиторий). Подробнее о репозиториях почитайте
здесь. Либо эти же утилиты могут установить ваш deb файл, который вы самостоятельно скачали.
В чем разница и что же выбрать?
Разница не в том, как пакет будет установлен. Механизм там одинаковый. Разница в том, откуда deb файл будет скачан. Используя apt, apt-get или aptitude, вы добавляете себе немножко уверенности в том, что исходный файл будет загружен из надежного репозитория. Если же вы хотите установить программку, написанную кем то левым - например, кто то зарелизил что нибудь и опубликовал на github, то единственным выходом будет или сборка из исходников, либо стягивание заранее подготовленного deb пакета.