У меня такая проблема возникает, когда хочу переустановить Ubuntu на новую версию с LiveUSB
Просто обновляться часто выходило порой боком, а новая установка с сохранением раздела home работала вполне нормально.
Но если при первичной установке с разметкой всего диска не возникало трудностей и установщик спокойно предлагал мой раздел в FAT32 использовать как загрузочный раздел EFI и все устанавливалось нормально, то при повторной установке он такого предложения уже не делает.
Кто знает почему.