Само положение значков описано в файле:
~/.config/pcmanfm/lubuntu/desktop-items-0.conf.
В /etc/xdg/pcmanfm есть две папки: default и lubuntu, где в каждой находится файл pcmanfm.conf.
[config]
bm_open_method=0
[volume]
mount_on_startup=1
mount_removable=1
autorun=1
[desktop]
wallpaper_mode=0
desktop_bg=#000000
desktop_fg=#ffffff
desktop_shadow=#000000
show_wm_menu=0
[ui]
win_width=640
win_height=480
splitter_pos=150
side_pane_mode=1
view_mode=0
show_hidden=0
sort_type=0
sort_by=2
max_tab_chars=32
2. [config]
bm_open_method=0
su_cmd=gksu %s
[volume]
mount_on_startup=1
mount_removable=1
autorun=1
[desktop]
wallpaper_mode=1
wallpaper_common=1
wallpapers_configured=1
wallpaper=/usr/share/lubuntu/wallpapers/lubuntu-default-wallpaper.png
desktop_bg=#000000
desktop_fg=#ffffff
desktop_shadow=#000000
desktop_font=Ubuntu 11
show_wm_menu=0
sort_type=0
sort_by=7
[ui]
always_show_tabs=0
max_tab_chars=32
win_width=798
win_height=547
side_pane_mode=1
view_mode=0
show_hidden=0
sort_type=0
sort_by=2