Нужно удалить не уникальные файлы, пока что разобрался только с тем как всех их найти и вывести, а как именно удалить все у которых название повторяется непонятно как. Нахожу командой:
find * -type f -printf '%f\n' | sort | uniq -d
А дальше что?
Командами rm и rmdir вы находите файлы и каталоги и можете удалить что ненужное. Точнее как найти вы уже написали выше, дальше остается только применять эти команды.