В вашем случае нет разницы какая материнская плата используется, Linux может работать практически на любой материнской плате поддерживающий чипсет AMD или Intel с архитектурой 64 либо 86 бит. Это вполне нормальная материнская плата и она никаким образом не может влиять на то как греется процессор скорее всего у Вас просто высохла термопаста под радиатором либо какие-то проблемы с системой охлаждения возможно вам просто нужно почистить радиатор от пыли. Также хочу заметить если у вас проблемы с мерцанием экрана, это скорее всего связано либо с видеокартой либо если её нет и она интегрирована скорее всего с чипсетом. Всё это показывает на то, что у вас явно какие-то проблемы с температурой в первую очередь вам нужно его разобрать, ваш системный блок и проверить какое его состояние, много ли в нём пыли, хорошо работают вентиляторы и проверить есть ли доступ для потока воздуха. В принципе Ubuntu 18.04 такая же операционная система как и остальные дистрибутивы Linux, они не должны влиять на какое-то повышенные температуры, а тем более на мерцание экрана, скорее всего банальные перегрев.
Также хочу заметить обязательно, обязательно проверьте термопасту под радиатором чипсета, возможно там не термопаста, а какая-то термопрокладка и её скорее всего нужно заменить.
