Вы проверили BIOS, чтобы убедиться, что все параметры "Wake on X" отключены? Wake on LAN и Wake on USB не могут привести к этому, особенно вопиющим случаем является USB, поскольку обычно это мышь или ключ Bluetooth, который предотвращает выключение
Проверьте настройки BIOS
На вкладке "Питание" все параметры "Пробуждение по X" должны быть установлены на 0. Теперь компьютер будет выключаться правильно.