Еще можно просто обнулить содержимое файла, при этом не освобождая файловый дескриптор на файловой системе (имя останется, файл будет пустой): : > file
Двоеточие - это пустой оператор в bash. Аналогичный результат можно получить, выполнив:
cat /dev/null > file