Запускать можно через эмулятор Wine либо внутри виртуальной машины. Если нужно использовать программы Windows прямо внутри убунту (интеграция с другими приложениями), то я думаю Wine - оптимальный вариант.
Как установить Wine
Если у вас система 64bit:
$ sudo apt install wine64
Если у вас Ubuntu 32bit:
$ sudo apt install wine32
Далее можно поверить корректность установки:
$ wine --version
wine-3.0
Что бы запустить Windows приложение, просто выполняете
wine /path/to/your/windows.exe
Вот еще интересный момент - есть база приложений Windows, где указано насколько хорошо те или иные приложения работают под Wine: https://appdb.winehq.org. Перед тем как пытаться настраивать Wine, имеет смысл проверить базу приложений что бы понимать что ожидать.