Я лично с Fail2ban дела не имел, но покопавшись на англ. форумах нарыл немного кода. Если немного владеете английским, то почитайте информацию в ссылках внизу.Способ 1
Способ 2
/var/log/auth.log { missingok daily notifempty compress rotate 7 size 10M }
https://support.plesk.com/hc/en-us/articles/115002230134-Fail2ban-shows-high-CPU-usage-https://forum.yunohost.org/t/fail2ban-high-cpu-usage/2439/4P.S. Надеюсь, что найдёте где-то здесь решение своей проблемы. Если нет - пишите. А вообще, насколько я понял, программу недолюбливают, в частности из-за проблем с нагрузкой cpu. Поэтому как вариант можно подумать о том, чтобы отказаться от неё вовсе.