У Кали роллинг-релиз, так что обновиться должна до актуальной версии.
Это же Дебиан!
sudo apt-get update # синхронизация локального кеша с репами
sudo apt-get upgrade # обновление
sudo apt-get full-upgrade -y # обновление всех пакетов. Команда -у отключает подтверждение на каждый пакет.
Можно одной строчкой
sudo apt-get update && apt-get full-upgrade -y
Настройки сохранятся, конечно.
При роллинг-релизе кеш растет ощутимо, так что
sudo apt autoclean -y
Команда безопасная, т.к. удаляет лишь те пакеты, которые можно скачать.
Это даже хорошо, что Кали с Убунты перевели на Дебиан. Тут ядро более ванильное, так скажем) На Убунте ядро на костылях и рут не самый безопасный.
Есть одно опасение, по поводу обновы. Насколько я помню, роллинг-релиз у Дебиан основан на подключении к тестовой ветке репозитория, а это значит, что после апдейта некоторые компоненты системы могут работать нестабильно. То есть, если взять с сайта свежий снапшот системы, то там проблем не будет, а обнова с тестовой ветки все-таки напрягает.