Что бы выяснить какому пакету принадлежит данный каталог, можно выполнить:
dpkg -S /usr/lib/windows95
Вывод будет похож на нечто вроде:
[package-name]: /usr/lib/windows95
Далее просто используйте имя пакета что бы его удалить:
sudo apt autoremove [--purge] package-name