А что можно для разных папок задавать разный вид? В настройках у вас должно быть только одно значение, а наутилус как раз запоминает, что было в последний раз, какой был вид:
./org/gnome/nautilus/preferences/default-folder-viewer
При открытии нового окна ссылается на эту настройку.
