Если у вас gnome, то можно сделать через gsettings (утилита командной строки).
Откройте терминал и далее по тексту.
Для комбинации Shift+Alt (левый):
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source "['<Shift>Alt_L']"
Для переключения по Alt+Shift:
gsettings set org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source-backward "['<Alt>Shift_L']"
Изменения вступают в силу сразу.
Что бы посмотреть текущие параметры:
gsettings get org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source
gsettings get org.gnome.desktop.wm.keybindings switch-input-source-backward