Зависит от того что именно нужно очистить. Если говорить про наиболее "общий" случай, то вот пара рекомендаций.
Для того чтобы очистить page-cache:
# sync; echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches
Для того чтобы очистить dentrie а так же кеш для inode:
# sync; echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches
Для того чтобы очистить все вместе (pagecache и dentrie и inode):
# sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
Для автоматического выполнения каждый час, добавьте задание в crontab.
0 * * * * sync; echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches
0 * * * * sync; echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches
0 * * * * sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches
