Если вы хотите реплицировать структуру каталогов (больше похоже на то, что делает cp -r), но заполнять ее только файлами .pdf, вы можете сделать это с помощью rsync, где -f - параметр «фильтр». Другие варианты более просты. Вы найдете все варианты в man rsync.
rsync -nvr -f '+ *.pdf' -f '+ **/' -f '- *' --prune-empty-dirs ~/Documents/ ~/copies/
Рекомендуется использовать параметр «сухой запуск» -n и параметр -v, чтобы увидеть, что будет сделано перед запуском настоящей команды (когда n удалено из командной строки).
Так же можно воспользоваться командой find:
find ~/Documents -name '*.pdf' -exec cp -nt ~/copies/ {} +