Можно заменить OPTIONS_UNSET=EXAMPLES на OPTIONS_UNSET?=EXAMPLES в /etc/make.conf
Вопросительный знак это условное определение, только если ещё не определено. Позволяет переопределять переменную в других конфигах или командной строке make VAR=
Вдобавок, быстрый способ - условно переопределять OPTIONS_UNSET на пустоту в зависимости от каталога порта в том же make.conf, а во-вторых, написать PR на тему починить порт, чтобы не ставил скрипты periodic в EXAMPLESDIR,
а ставил куда положено и активировал их в зависимости от директив в /etc/periodic.conf, а не безусловно.