Если по хорошему, то нужно исправить источник проблемы. Перегрев - это ненормально. Убедитесь, что ваши внутренние вентиляторы вращаются правильно, порты не забиты пылью, а при необходимости удалите, очистите и снова установите радиатор свежей термопастой.
По поводу программного обеспечения для мониторинга температуры, есть несколько вариантов. К примеру, вы можете использовать psensor для контроля температуры компьютера. Это приложение с графическим интерфейсом, которое считывает датчики процессора и материнской платы.
sudo apt-get install psensor
Это приложение может запускаться при загрузке системы:
Так же можно использовать приложение Gnome, одно из доступных расширений под названием System-monitor.
В этом приложении можно выставить порог срабатывания для получения уведомлений:
