Переделайте сертификат. У GoDaddy есть такая опция. Для этого создайте CSR файл:
openssl req -new -newkey rsa:2048 -nodes -keyout yourdomain.key -out yourdomain.csr
Далее генерируйте новый сертифкат в админке GoDaddy. Потом скачивайте новый сертфикат (выбирайте "другое" или "Apache"). В zip-архиве будут несколько файлов, нечто вроде:
66342a7b2209cec4.crt
66342a7b2209cec4.pem
gd_bundle-g2-g1.crt
Рекомендую объединить оба сертфиката в один и его использовать.
cat 66342a7b2209cec4.crt gd_bundle-g2-g1.crt > yourdomain.com.chained.crt