Я пробовал несколько вариантов. Первый конфиг- все в одном файле, Второй (он на данный момент используется ) это 2 конфига.
Для первого сайта:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin admin@domain1
ServerName domain1.com
ServerAlias www.domain1.com
DocumentRoot /var/www/domain1.com/public_html
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
<IfModule mod_dir.c>
DirectoryIndex index.html index.pl index.cgi index.html index.xhtml $
</IfModule>
</VirtualHost>
Для второго:
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin admin@domain2
ServerName domain2.com
ServerAlias www.domain2.com
DocumentRoot /var/www/domain2.com/public_html
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
<IfModule mod_dir.c>
DirectoryIndex index.html index.pl index.cgi index.html index.xhtml $
</IfModule>
</VirtualHost>