Здравствуйте. Если совсем всё сделать примитивно, то тогда попробуйте создать свой отдельный скрипт выключения, после чего необходимо сделать саму кнопку запуска или hotkey. Выключаете, как хотите.
shutdown -h now
Это находится в отдельном скрипте и прописано в sudo visudo. Это на случай, если вдруг вы подзабыли что это - обновите заодно воспоминания. Не помешает.
Сама кнопка запуска может выглядеть следующим образом:
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=ShutAllCKpunT.desktop
Icon=/home/HOME/Shut1511Nov131817.png
Exec=gksu /home/HOME/ShutAll.CKpunT
Terminal=false
Name[en]=ShutAllCKpunT.desktop
Я думаю, что в вашем случае скорее всего из-за скрипта, что должен всё выключить, необходимо будет запустить скрипт, что, собственно, выключает ПК в силу опасений с /etc/init.d/ …
Как-то так.