Скажу так, у меня есть несколько серверов, один из них похож на Ваш, на нем вертится MySQL, PHP и Apache2, как правило я его редко перезагружаю, но когда нужно перезагрузить я просто из под рута ввожу команду "reboot". Вот и весь секрет...
Немного расскажу почему я так делаю, когда то давно я так же задался этим вопросом, в чем разница shutdown -r now и reboot? Да по сути разницы то никакой нет, команда shutdown -r now это просто так называемая обертка команды reboot, то есть не зависимо от того что вы напишете shutdown -r now либо просто reboot система перезапустится корректно без потерь и каких либо последствий.
Собственно любая корректная команда shutdown -r перезагрузит систему без каких либо проблем. Единственное что у команды shutdown -r есть возможность перезапустить систему через определенное время и с комментарием, если Вам это нужно. А так по большему счету нет разницы какую команду использовать для перезапуска системы в целом.