Windows тем и примечательная система, что ничего кроме своих ФС и не знает.
В отличие от Виндоуз Linux знает кучу ФС, включая виндовые, но т.к. виндовые ФС имеют закрытый код, то надежность и скорость работы с виндовыми ФС из Linux - не слишком высокая.
Если последний момент не напрягает, то можно совместить облачную папку на NTFS разделе. Однако на сколько я знаю yandex-disk - он может и подглюкивать в таких условиях, когда он из двух ОС синхронизирует один каталог.
А так есть утилиты под Windows, которые читают ext, название не помню, но они бесплатные, в нете можете поискать.
Есть глюки (но немного) у Linux-ового драйвера ntfs. Но вы можете с ними и не столкнуться.
Yandex-disk - народ ставил так (синхронизация данных на NTFS из винды и linux-а) и оно в принцип работает.
Попробуйте так, а потом сделайте свои выводы.
Спецификации NTFS закрыты, а потому запись на NTFS-разделы в Linux'е может приводить к некоторым ошибкам. Если позволить винде производить запись на разделы с Linux-овскими файловыми системами, ошибки тут почти на 100 процентов гарантированы. Но есть файловые системы FAT, которые для винды родные и которые Linux знает не хуже своих родных файловых систем. Так почему бы не держать файлы, которые должна быть доступны обеим осям, на FAT-разделе?
Я за всё время пользования этими системами сталкивался с какими-то проблемами записи на NTFS в linux. Медленно - да. Проблемы - нет.
A у FAT32 - очень большой минус на ограничение на размер файла в 4GB. ExFAT - работает через fuse, что опять же приводит к снижению быстродействия. Поэтому FAT16 - даже нет смысла рассматривать.