А нельзя выбрать просто при входе старого пользователя и тогда не будет с этим никаких проблем.
Я не уверен в том, что описанное Вами действие приведет к такому результату, потому что скорее всего ничего перезаписано не будет. Если бы у меня была такая проблема, то я бы следовал по такому алгоритму:
1. Директорию /home/userold переименовываю в /home/userold_2
2. Затем создаю пользователя userold, обнаруживаю созданный автоматически /home/userold. Выполняю обновление прав доступа для папки /home/userold_2 из сеанса пользователя userold командой типа (вместо /home/userold_2 подставить свой путь к каталогу, остальное адаптируется само):
sudo chown -R "`whoami`:`whoami`" /home/userold_2
3. Далее гружусь с liveUSB, нахожу /home/userold, переименовываю его в /home/userold_3. /home/userold_2 переименовываю в /home/userold.
4. Потом пробую загрузиться в систему на жестком диске.
5. Если все нормально, и все меня устраивает, уничтожаю /home/userold_3, и все на этом. Если что-то не устраивает - гружусь из LiveUSB, и выполняю обратную подмену из /userold в /userold_2 и из /userold_3 в /userold.
Тут еще такой момент, что таскать весь /home из системы в систему - не самое лучшее решение. У вас могут возникать серьезные проблемы из-за совместимости. Правильнее будет сначала вытащить только те каталоги и файлы, которые Вам действительно нужны. Если нужны файлы конфигурации этого самого GNote - ищите их в старом /home, копируйте оттуда в новый /home, исправляйте имя пользователя, если нужно. Так оно как-то правильнее получится. А так конечно намного проще воевать с одной программой, чем со всей системой, если что пойдет не так.