Проблема заключается не в rsync, а в самой оболочке.
Обычно в Ubuntu dotglob отключено, это означает, что файлы, начинающиеся с . , исключаются из * расширения.
Вы можете включить это командой.
shopt -s dotglob
Имеет смысл отключать dotglob после использования с
shopt -u dotglob
В качестве альтернативы,Вы просто можете указать rsync скопировать содержимое папки target_dir, в которую входят скрытые файлы:
rsync --ab -e ssh myuser@sourcehost:/source_dir/ target_dir