Это можно очень просто сделать в конфигурационном файле: /etc/X11/xorg.conf. Для большинства мышек вам просто надо добавить следующее:
Option "ZAxisMapping" "4 5"
в секцию Mouse. К примеру,
Section "InputDevice"
Identifier "Mouse"
Driver "mouse"
Option "Protocol" "ExplorerPS/2"
Option "Device" "/dev/input/mice"
Option "ZAxisMapping" "4 5"
EndSection