У меня случалась подобная ошибка и я имела ряд проблем с этим core файлом. Советую сделать следующее:
Установите директиву следующим образом:
CoreDumpDirectory /tmp/mycoredump
Создайте каталог:
mkdir -p/tmp/mycoredump
Нужно присвоить право собственности на каталог www-data или httpd
chown -R www-data:www-data/tmp/mycoredump
Установите разрешения для:
chmod 777/tmp/mycoredump
Перезапустите Apache:
service apache2 restart
