Да, может. Точнее Windows и Ubuntu по-разному и в разных последовательностях обращаются к жёсткому диску, так что у некоторых пользователей вполне могут появиться шумы. Но в этом ничего криминального нет.
Можно, конечно, покрутить настройки, полазить по форумам за инструкциями и т.д., и т.п., но мой вам совет: просто поставьте себе другую систему. На Ubuntu свет клином не сошёлся. Сейчас Linux Mint пользуется большой популярностью, или Manjaro какой-нибудь. Выберите себе что-нибудь по душе и протестируйте. Желательно что-то не сильно тяжёлое. Скорее всего данная проблема исчезнет, а вы толком ничего не потеряете.
Ну или попробуйте покрутить настройки. Вам решать.