Во-первых, установка системы с нуля займет гораздо больше времени.
Во-вторых, для этого вам нужно создавать загрузочную флешку, что также не быстро.
В-третьих, и это, наверное, самый важный пункт, установив систему с 0 ваши данные, настройки, установленные программы и библиотеки благополучно сотрутся.
А обновив систему через
$ sudo apt update
вы просто доустановите необходимые обновления, ничего при этом не потеряв.