Технически есть отличия в устройстве так называемого ядра операционной системы. В linux оно представляет собой монолит, а в Windows состоит из разных мелких dll-библиотек. Плюс, у этих операционных систем - разная структура файловой системы: в Linux все идет от корневой папки, а далее - то есть ниже, файлы программ и документов распихиваются и сортируются каждая по своему каталогу. Да, в Windows нечто похожее, но это только внешне. Внутренне все скрыто от пользователей, чтобы никто ничего не намудрил (возможно, так даже лучше).
Настройки системы и программ Windows хранит в своем реестре, и у этого есть такой значительный минус, как невозможность перенести их на другой компьютер. В Linux же все нужные настройки хранятся в скрытых от пользователя папках и файлах, так как у каждой программы имеется свой конфигурационный файл. Их можно редактировать "ручками".
Такой вот краткий экскурс с технической стороны. Надеюсь, информация полезна. :)
